ในช่วงทศวรรษ 1990 สหประชาชาติได้สนับสนุนให้ประเทศต่างๆ จัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ
คลิปสัมภาษณ์ ดร.ชยันต์ วรรธนะภูติ เรื่อง”สำนักงาน กสม.กับพลวัตรของสังคม”
รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540 บัญญัติให้มีคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ (กสม.) ในมาตรา 199 และมาตรา 200 โดยมีสถานะเป็น “องค์กรอื่นตามรัฐธรรมนูญ”
บทเฉพาะกาลของรัฐธรรมนูญ 2540 มาตรา 334 กำหนดให้จัดตั้งคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติภายใน 2 ปี
มีพระบรมราชโองการประกาศแต่งตั้งประธานและกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ลงวันที่ 13 กรกฎาคม 2544
พระราชบัญญัติคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ พ.ศ. 2542 มาตรา 17 กำหนดให้มีสำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ (สำนักงาน กสม.) เป็นส่วนราชการสังกัดรัฐสภาตามกฎหมายว่าด้วยการจัดระเบียบปฏิบัติราชการฝ่ายรัฐสภา โดยอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของประธานกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ
สืบเนื่องจากการทำเหมืองแร่ตะกั่ว เหมืองแร่คลิตี้ และเหมืองแร่เค็มโก จังหวัดกาญจนบุรี ในเขตพื้นที่โดยรอบเขตรักษาพันธุ์ป่าทุ่งใหญ่นเรศวร ซึ่งขณะนั้นเป็นพื้นที่ที่กำลังจะประกาศเป็นเขตอุทยานแห่งชาติลำคลองงู และเป็นเขตป่าต้นน้ำแควใหญ่ ซึ่งคณะกรรมการแห่งชาติว่าด้วยอนุสัญญาคุ้มครองมรดกโลก ได้มีมติเมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม 2541...
กสม. ได้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการจัดทำแผนเชิงกลยุทธ์และแผนปฏิบัติการ โดยจัดประชุมเชิงปฏิบัติการเพื่อจัดทำแผนยุทธศาสตร์ ในวันที่ 12 - 13 มกราคม 2545 ณ สวนสามพราน จังหวัดนครปฐม มีผู้เข้าร่วมประชุมกว่า 100 คน ประกอบด้วย กสม. บุคลากรและเจ้าหน้าที่สำนักงาน กสม
เดือนพฤษภาคม 2545 ผู้แทนชาวบ้านอำเภอแม่อาย จังหวัดเชียงใหม่ ได้ยื่นร้องเรียนต่อ กสม. สรุปได้ว่า อำเภอแม่อายได้ออกประกาศจำหน่ายรายชื่อชาวบ้านอำเภอแม่อายจำนวน 1,243 คน ออกจากทะเบียนบ้าน (ท.ร. 14) เมื่อวันที่ 5 กุมภาพันธ์ 2545 โดยไม่ได้แจ้งชาวบ้านผู้ได้รับผลกระทบคัดค้านสิทธิ์ หรือแสดงข้อเท็จจริงเพื่อพิสูจน์ตน
วันที่ 20 ธันวาคม 2545 เกิดเหตุการณ์ปะทะระหว่างเจ้าหน้าที่ตำรวจกับผู้ชุมนุมคัดค้านโครงการท่อก๊าซไทย-มาเลเซียที่ จ.สงขลา