385 yılında Amasya’da doğmuştur. Dedesi Sabuncuoğlu Hacı İlyas Çelebi ve babası Ali Çelebi de Amasya Bimarhanesi’nde yani o dönemlerin hastanesinde hekimbaşılık yapmış ünlü hekimlerdir.
Çok küçük yaşlarından itibaren usta-çırak ilişkisi biçiminde hekimlik öğrenmeye başlamıştır. Temel hekimlik eğitimini Hekim Burhanettin Ahmet’ten Amasya Darüşşifâsı’nda almıştır.
Henüz 17 yaşında iken hekimliğe başlamış ve bundan sonra da hayatını okumaya, araştırmaya ve deneylere vermiştir. Vefat edene dek Amasya Darüşşifâsı’nda Anadolu halkına hizmet vermiş ve burada neredeyse 14 yıl boyunca başhekimlik yapmıştır.
Şerefeddin Sabuncuoğlu, tedavileri hastalara uygulamadan önce kendi üzerinde bile test ederdi. Sepsisin farkındaydı ve herhangi bir patojenin yayılmasını önlemek için antiseptik olarak şarap ve zeytinyağı içeren cerrahi bir kıyafet giyerdi
II. Bayezid, şehzadeliği zamanında, Amasya Valisi iken (1481-1512), Şerefeddin Sabuncuoğlu’ndan Zeyneddin el-Cürcânî’nin (öl.
Osmanlı İmparatorluğu’nda yazılmış ilk resimli cerrahi eserdir. Kitabın bilinen üç kopyası vardır. Bunlardan ikisi İstanbul’da Fatih Millet Kütüphanesi’nde, birisi de Paris Bibliotheque National’dedir.
1468 yılında yazılan eser Amasya’daki hekim çevresinin isteği üzerine Sabuncuoğlu tarafından kaleme alınmıştır. İlk Türkçe deneysel tıp eseridir. Sabuncuoğlu bu eserde tıpta kullanılan ilaçları hazırlanış şekillerine (hap, merhem, şurup, toz, lavman, macun, yakı.
Son eseri Mücerrebnâme’yi 873’te (1468) yazdığına göre bu tarihten sonra vefat etmiş olmalıdır.